Olivers Kommentar war absolut richtig und keinesfalls überflüssig.
Diese Textpassage kam mir bei der Fragestellung auch sofort in den Sinn und ist für mich relativ eindeutig.
Wenn du davon ausgehst dass du auch bei weiterer Steigerung deiner Quintessenz quasi eigene Erfahrung deinem Fokus opferst, was zur Auslegung der Regelung bei Verlust des Fokus passt, ist es nur naheliegend, dass deine MP aus der ersten Zauberfertigkeit auf den Schamanistischen Fokus übertragen werden. Soweit zumindest zur Reglementierung.
Rein der Logik und angewandter Sphärentheorie ist es natürlich unsinn und es wäre logischer beide MP Pools seperat zu führen und hier bei der zweiten magischen Fertigkeit mit 0 MP zu starten, bzw einen Teil der zugrunde liegenden Quintessenz 'opfern' und somit übertragen zu müssen. Diese sollte dann für auf Zauberei basierender Magie nicht mehr zur Verfügung stehen da der Zugriff auf die Sphären nunmal gänzlich anders von statten geht.
Ups.. ich habe nochmal einen Blick in die aktuelle Auflage des Regelwerks geworfen, also 
Edit:
Diese Punkte sind nicht kumulativ mit den Magiepunkten, die man für die Fertigkeit "Zauberei", "Klerikalmagie" oder "Bardenmagie" erhält.
Es stimmt tatsächlich dass sich hier Auslegungsspielraum ergibt. Ich glaube, dass diese Textpassage früher anders formuliert gewesen ist, bin mir jedoch nicht sicher.
Meine Vermutung ist jedoch, dass hiermit gemeint ist, dass man nur einmal Start MP bekommt und sich kein zusätzlicher Bonus ergibt, wenn man noch weitere MP Basierte Fertigkeiten erwirbt.
Zumindest ist mir kein Fall bekannt, in dem es anders gehandhabt wurde. An keiner mir bekannten Stelle im Regelwerk sind multiple 'Murmelpools' vorgesehen. Weder bei MP noch CP (Alchemie/Pharmazie).
Wie Karsten schon schrieb, es gibt insgesamt nur einen Rassenspezifischen Bonus von 5 MP auf deinen Pool.
Auch wenn es natürlich sehr schwammig formuliert ist. Hier greift wohl wieder, dass Regeln im Zweifelsfall gegen dich auszulegen sind.
Was den Sonderfall eines schon vorhandenen Magiefokus angeht würde ich grundlegend davon ausgehen, dass der neue Magiefokus den alten regeltechnisch ersetzt.
Je nach Konzept und Vorgeschichte mag es jedoch auch Sinn machen beide Foki zu verwenden, ist also nicht abschließend geklärt und liegt denke ich im Ermessensspielraum von Spieler und Orga mit Augenmerk auf spielerische Stimmigkeit.